STAT4 i ryzyko reumatoidalnego zapalenia stawów i toczeń rumieniowaty układowy cd

Uwzględniliśmy również wszystkie niesynonimowe kodowania SNP zgłoszone w dbSNP, bazie danych SNP Narodowego Centrum Informacji Biotechnologicznej; wszystkie SNP w obrębie motywów zachowanych w różnych gatunkach, które zostały zidentyfikowane przy użyciu eksperymentów przeglądarki genomu Uniwersytetu Kalifornijskiego w Santa Cruz (UCSC) (ścieżka zachowanych elementów) (http://genome.ucsc.edu); oraz SNP zakłócające przypuszczalne miejsca wiązania czynnika transkrypcji, zidentyfikowane za pomocą utworu konserwującego miejsca wiążące czynnik transkrypcyjny czynnika transkrypcyjnego UCSC (http://genome.ucsc.edu). Genotypowanie
Próbki DNA uzyskano od wszystkich osobników. Próbki genotypowano za pomocą jednej z dwóch metod: niestandardowej, wysoce multipleksowej metody opartej na perełkach, GoldenGate Genotyping (Illumina) i multipleksowej metody wydłużania starterów (Sequenom) (szczegóły w Dodatku Uzupełniającym).
Analiza statystyczna
Wszystkie SNP badano pod kątem istotnego odchylenia od równowagi Hardy ego-Weinberga w grupie kontrolnej. Te z wartością P mniejszą niż 0,005 zostały usunięte z analizy. Usunęliśmy również wszystkie SNP z mniejszą częstością alleli mniejszą niż 0,01, ze względu na zmniejszoną moc wykrywania powiązań dla rzadkich SNP. Pozostałe SNP (w tym przypisane SNP) analizowano pod kątem powiązania z chorobą poprzez porównanie częstości mniejszego allelu w przypadku pacjentów i kontroli, przy czym istotność określono za pomocą testu chi-kwadrat. Wskaźniki szans i ich 95% przedziały ufności, dotyczące posiadania allelu ryzyka w chromosomach pacjentów pacjentów w porównaniu z kontrolnymi zostały również określone dla wybranych SNP.23 Podczas łączenia danych z różnych serii kontrolnych przypadków używaliśmy Mantel-Haenszel test (oprogramowanie SPSS, wersja 12.0.0; www.spss.com) w celu podsumowania szacunków dotyczących danej warstwy.
Wzorce sprzężeń i nierównowagi w regionie STAT1-STAT4 zostały określone przy użyciu oprogramowania Haploview, wersja 3.32.24 Genotypy 768 SNPs informujące o europejskim pochodzeniu25 zostały użyte w celu dostosowania się do możliwości niezrównanej struktury populacji w przypadku pacjentów i kontroli. ; Oprogramowanie STRAT zostało użyte do strukturalnego powiązania26 i oprogramowania EIGENSTRAT w celu korekty wyników badań asocjacyjnych zgodnie z metodą opartą na analizie głównych składników.27
Wyniki
Selekcja kandydata na gen w regionie powiązań chromosomu 2q
Ryc. 1. Ryc. 1. Szczyt wiązania dla reumatoidalnego zapalenia stawów na chromosomie 2q i początkowy ekran genów kandydujących na SNP z chorobą związaną z chorobą w serii reumatoidalnego zapalenia stawów Ameryki Północnej. Panel A pokazuje wcześniej określone dane powiązań dla SNP na chromosomie 2. Czarny słupek reprezentuje przedział podtrzymywania 2-LOD, zawierający geny kandydujące wybrane do analizy. Panel B pokazuje znaczenie danych asocjacyjnych (przedstawionych jako podzielone przez wartość P) dla 68 znaczników SNP (stałe romby) i 14 imputowanych SNP (otwarte romby) u 525 pacjentów i 1165 kontroli. Czarne słupki reprezentują 13 ocenionych kandydujących genów. SNP kandydata-genu są pokazane w porządku fizycznym w całym regionie, równomiernie rozmieszczone, a nie zgodnie z ich pozycją chromosomową
[patrz też: stachursky iwona łaszczok, wiskosuplementacja, gazetarzeszow ]